El 21 de septiembre de 1990 cambió su denominación de CD Mestalla por el de Valencia CF B por una decisión de la UEFA en la que los clubes filiales con distinto nombre al de su sociedad tenían que llevar el nombre del propio club. En 2006 recuperó parte de su nombre original y pasó a llamarse oficialmente Valencia CF Mestalla. Entre 2002 y 2004 el club contó con un tercer filial, el Valencia Club de Fútbol C, que desapareció al bajar el Mestalla a Tercera División en 2004, arrastrando al «C» a Preferente.
