En el minuto 51, Godín adelantó a su equipo con un gol de cabeza a la salida de un córner. Fue el propio Pruden el que remató de cabeza un córner sacado por Vázquez, poniendo un contundente 0-4. No fue el último. El chivatazo de Laporta a Tebas y la indignación con Florentino Pérez que condenaron la Superliga. «Florentino Pérez salvó al Madrid en el 2000: «Sin decir nada avalé 147 millones»». Pese a las nuevas incorporaciones, el equipo pierde los tres primeros desplazamientos de Liga(con algunas polémicas de Cruyff, como la de hacer jugar al joven Lucendo) y el Real Madrid toma ventaja. Cada club puede inscribir en la liga a 25 jugadores cada temporada, de los que solo tres pueden tener nacionalidad ajena a los países de la Unión Europea. En el Torneo Finalización avanzó a los cuadrangulares semifinales en el quinto puesto, pero en el grupo quedó segundo con diez puntos con un saldo de tres partidos ganados, uno empatado y dos perdidos.
En el Torneo Finalización ganó el décimo título local frente al recién ascendido La Equidad de Bogotá. Durante los cuartos de final de la liga 2020, América goleo 3-0 a Nacional en el Atanasio Girardot para un global de de 4-2 a favor del equipo caleño, eliminando así al equipo paisa de la posibilidad del título. Para el Finalización, Atlético Nacional logró su segundo bicampeonato, se clasificó a la final contra el Deportivo Cali. En 2016 Atlético Nacional inició la temporada ganando la Superliga al derrotar 5-0 al Deportivo Cali en el global. El Atlético de Madrid construyó su nuevo estadio gracias a la ayuda financiera de Carlos Slim que le permitió concluir la construcción mientras se resuelve la venta de los terrenos Mahou-Calderón. En 2002, América se coronó campeón del Apertura venciendo en la final a Atlético Nacional y dando la vuelta en el estadio Atanasio Girardot. En la Copa Libertadores conformó el Grupo 7, logró terminar primero y jugar los Octavos de final contra C. S. Emelec, pero cayó 1-2 en el global.
Los objetivos no se cumplieron y Nacional quedó eliminado en octavos de final de la Copa Libertadores que jugó contra Vélez Sarsfield de Argentina. Se enfrentaron nuevamente en la final de la Copa Colombia de 2013, y esta vez Atlético Nacional se llevó el título derrotando a Millonarios 3-2 en el global. Logró un nuevo título al ganar nuevamente 2-0 en el global, logrando su segundo Bicampeonato en torneos cortos en su historia. Para destacar el hecho de que Nacional se convirtió en el primer equipo en la historia de los torneos cortos, que logró un título de visitante sin haber ganado de local el primer partido de la final. Se encontró nuevamente en la final a La Equidad. En el Torneo Apertura hizo una campaña irregular, terminó sexto en la fase de todos contra todos, luego fue eliminado en cuartos de final por el Deportivo Cali 4-3 en el global. Para 1999, el equipo verde doblegó 1-0 a Independiente Medellín logrando así disputar la gran final de ese año contra el América de Cali que a la postre ganó Nacional. La última final en la que se encontraron fue en la de la Superliga de 2018; oportunidad en que Millonarios obtuvo el título derrotando a Atlético Nacional por 2:1 en el partido de vuelta.
El 27 de julio el equipo se jugó el partido de vuelta en el Estadio Atanasio Girardot. En el inicio del segundo semestre, Nacional disputó la primera edición de la Superliga colombiana, en la cual superó por un amplio marcador en los dos partidos, 3-1 en la ida y 3-0 en la vuelta al Junior de Barranquilla. El primer encuentro data de 1948 cuando el equipo caleño le ganó 3-0 al equipo verdolaga. El primer partido, disputado en el Estadio Nemesio Camacho El Campín de Bogotá, el 16 de diciembre, finalizó 3-0 a favor de Atlético Nacional con goles de Carmelo Valencia, Sergio Galván y León Darío Muñoz. La Bandera de Atlético Nacional está conformada por dos colores, el Verde y el Blanco. La bandera de Atlético Nacional está conformada los colores verde y el blanco. El máximo goleador de Atlético Nacional en estos encuentros es Víctor Aristizabal con 14 goles. Recuerda como su padre y su hermano gritaban los goles del Madrid y eso marca.