El 21 de julio de 2020 anunció que no iba a continuar en el equipo canario buscando nuevos retos. Se contabilizaron un total de 22 176 votos, lo que supuso el 65,49 % de participación de los socios con derecho a voto, alcanzando así la máxima participación de la historia del Athletic. El Madrid y el Athletic se negaron a jugar contra él si alineaba a deportistas profesionales, ya que por aquel entonces se jugaba al fútbol de forma completamente amateur. 9:34 La siguiente ocasión en que Athletic y Barça se enfrentaron fue en 1942, en la final de la Copa del Generalísimo, en plena dictadura. Lo más llamativo es la parte posterior, en la que predomina el rojo en la zona central. La temporada 1999-2000, pasa a formar parte de la primera plantilla del club, destacando por su gran resistencia, juego aéreo, visión de juego y disparo lejano. Coincidente con la situación, comenzó a recibir críticas por parte de la prensa española debido a sus ocasionales salidas nocturnas. La Copa del Rey de Fútbol 1998-99 es la edición número 95 de dicha competición española. Con anterioridad al Mundial de Corea del Sur-Japón 2002, jugó de forma habitual como portero titular de la selección española.
Posteriormente, fue seleccionado para el Mundial de Alemania 2006, aunque como portero suplente, ya que el puesto de portero titular fue para Casillas. 2015-16 en el undécimo puesto de la Segunda División, con un balance de trece victorias, dieciocho empates y once derrotas. Este incidente hizo que la gran oportunidad de Cañizares se desvaneciera, dando vía libre a Iker Casillas, que le arrebató el puesto en la portería de la Selección. Añadía que ese pago en entradas comenzaría ya desde el año siguiente, supervigo.com aún con el equipo en el Calderón. En diciembre del mismo año, se hizo cargo temporalmente del Valencia C. F. Mestalla mientras Nico Estévez entrenaba al primer equipo del Valencia tras la destitución de Miroslav Đukić. Continuó en su cargo en la siguiente campaña hasta su destitución el 18 de noviembre de 2018 tras una racha negativa de una victoria en sus once últimos partidos. Ocupó el cargo hasta la destitución de Manzano en diciembre del mismo año.
El 9 de junio de 2011, se anunció su incoroporación al cuerpo técnico del Club Atlético de Madrid liderado por Gregorio Manzano en la función de tercer ayudante. El 12 de diciembre de 2017, fichó como técnico del Real Sporting de Gijón en sustitución de Paco Herrera. También ejerció como técnico, entrenando al Atlético y al Nacional y ejerciendo de secretario técnico del Club Deportivo Castellón. Apenas una semana después del título, Koeman fue cesado y el nuevo técnico, Voro, devolvió la titularidad de Cañizares, después de más de cuatro meses sin entrar en una convocatoria. Baraja fue titular en sus diez temporadas con el Valencia CF y se convirtió en el capitán valencianista en 2008, tras la decisión de Ronald Koeman de apartar de la plantilla a David Albelda. El 9 de noviembre fue destituido de su cargo, tras un inicio de temporada con diez puntos en diez partidos.
Sin embargo, el 20 de febrero de 2017 fue cesado del cargo, tras ganar únicamente tres de sus trece partidos en el banquillo rayista. ↑ Villarín, Nacho (17 de junio de 2017). «Santiago Cañizares estrena su marcador como piloto de rallies». ↑ El País. «Cañizares Cañizares, Albelda y Angulo no acompañan al Valencia en la final de la Copa del Rey». ↑ 20 Minutos. «Koeman: «Albelda, Cañizares y Angulo son una página del pasado»». Dos minutos después, tras una falta botada por Reyes, tienda atletico de madrid Tiago empujaba el balón al fondo de las redes y restauraba el empate en el marcador. ↑ 20 Minutos. «Cañizares y Albelda responden a Koeman». ↑ «Valencia: ¿Recuerdas el golazo de Mendieta en el Barcelona-Valencia de Copa en el 99? ↑ «Messi passes 400 La Liga goals in 6-0 Barcelona rout». En 2015 se marchó al Barcelona cansado de ‘correr’ en el Atlético y comenzó su declive. Barcelona y el Real Madrid.