En la temporada 2005/06 Iriney abandona el club y ficha por el Celta de Vigo y Negredo por el Real Madrid Castilla, pero llega al primer equipo Coke Andújar, lateral canterano de 18 años. Temporada 2002/03. Esta temporada llega al equipo Iriney Santos da Silva, de la liga brasileña. En Europa y en la Copa las cosas no fueron bien para el equipo valencianista y fue eliminado en las primeras eliminatorias de ambas competiciones. Temporada 1994/95. En la Copa del Rey se alcanzan los cuartos de final después de eliminar al CD Numancia, al Andorra CF, al Racing de Santander y al Palamós. Tras eliminar al Racing Club Portuense (por 2-0 y 2-2), se enfrenta al Eibar. La nota más negativa llegó con la grave rotura del tendón de Míchel frente al Athletic Club que le dejó casi un año fuera de los terrenos de juego. De hecho, Simeone es el técnico que más años lleva sentado en un mismo banquillo tras el eterno y criticado Arséné Wenger (21 temporadas en el Arsenal) y el francés Stéphane Moulin (siete en el Angers). Quién les iba a decir que siete años después hayan levantado la Premier y la Copa inglesa. Debutó en Primera División con el Sporting de Braga con 19 años.
Temporada 1996/97. Con la Liga formada por 22 equipos, se establecen cuatro puestos de descenso directo y uno de promoción para reducir la Primera División a una Liga de 20 equipos. Fue durante el VI Trofeo Villa de Madrid, organizado por el Atlético de Madrid, invitando a estos dos equipos y al Derby County F. C. inglés. El pasado 10 de mayo, el Atlético de Madrid vivió su último partido de la Liga de Campeones en el Vicente Calderón. Así mismo, el hispano-brasileño recuerda que se enfrentó al Chelsea en las semifinales de la pasada Liga de Campeones y sabe «la gran calidad del equipo» al que llega. En la temporada 2006/07 es Pepe Mel el encargado de coger las riendas del equipo y ficha a Piti, del Hercules. Además se rebautizó el nombre del equipo como Rayo Vallecano de Madrid, y también cambió el escudo (las letras ADRV son reemplazadas por las de RVM).
Míchel firma el proyecto como entrenador para conseguir el ascenso, pero ni siquiera logra clasificar al equipo para los play-off, y es destituido a final de temporada. El «veterano» entrenador Jupp Heynckes —que llevó al Bayer Leverkusen al subcampeonato en la 1. Bundesliga 2010-11— sería otra vez el nuevo entrenador del Bayern para la temporada 2011-12, la cual sería su tercera etapa al frente del club. 48′ Falta de Íñigo Martínez (Athletic Club). El 3 de junio, en la ida, el Athletic empató a dos tantos en el Metropolitano. El equipo obtiene a final de temporada la Invitación FIFA Fair Play para disputar la Copa de la UEFA, por ser uno de los equipos con menos amonestaciones de Europa. Aun habiendo problemas con los salarios atrasados de los jugadores y el cuerpo técnico, el equipo no dejó en ningún momento de estar entre los dos primeros puestos de la tabla, siendo líder hasta en cuatro ocasiones. El equipo logra su mejor inicio de temporada al ganar los 5 primeros partidos y se mantiene en los puestos de arriba durante toda la competición, llegando a ser líder en cuatro ocasiones.
El equipo cae eliminado a las puertas de la semifinal por el Sporting de Gijón. Pero al final se llegó un acuerdo y Silva fichó por la Unión Deportiva Las Palmas. A final de temporada, el Rayo queda en el décimo séptimo puesto de la tabla, y está obligado a disputar la permanencia con la S.D. El 11 de mayo de ese mismo año, alcanzan la final de la Copa del Emir de Catar tras superar al Lekhwiya SC 3-2 en las semifinales del torneo. Aun así, en la Copa del Rey realiza una digna actuación, eliminando a la Real Sociedad en la 2.ª eliminatoria y después al Córdoba. Toni, relegado al banquillo por Molina, vivió el dramático descenso a Segunda División, en una de las peores campañas ligueras de la historia del Atlético. Actualmente, el Atlético de Madrid Femenino se sitúa por delante en la clasificación con una diferencia de 16 puntos con respecto a su rival.
Y un total de 22 puntos en 18 partidos. Pepe Mel fue destituido (siendo el entrenador que más tiempo ha estado al frente del Rayo) y le sustituyó el director deportivo, Felipe Miñambres, consiguiendo 11 puntos de los últimos 21 puntos posibles. La directiva vuelve a cambiar el escudo del club (es más ancho y la V es de color rojo), decisión que la afición se toma como otro insulto a la historia de su club. Temporada 2009/10. Llega al club Rubén Castro, del Huesca y José María Movilla, del Murcia, club al que es traspasado Miguel Ángel Albiol. En la temporada 1976/77, tras conseguir en la última jornada el punto que necesitaba ante el Getafe Deportivo, el Rayo consigue el primer ascenso a Primera División, sin perder ningún partido en el Nuevo Estadio de Vallecas. El Rayo afronta la temporada con el objetivo del ascenso a Primera. La cuarta temporada seguida del Rayo en Primera División. El 12 de enero de 1994 le sucedió en el cargo su esposa, María Teresa Rivero Sánchez-Romate, siendo la primera mujer que preside un club de fútbol de Primera División. El 1 de julio de 2020 se creó la sección femenina de fútbol del Real Madrid Club de Fútbol (entidad polideportiva con sede en Madrid, fundada en 1902), conocida como Real Madrid Club de Fútbol Femenino.