Universitario clasificó a la Copa Sudamericana 2016 tras derrotar por 2:1 a Sporting Cristal en la última jornada. Torneo Clausura tuvo un bajón por la ausencia de jugadores como Raúl Ruidíaz (emigró al fútbol de México), Edison Flores y Juan Diego Gutiérrez (ambos transferidos al fútbol danés), camiseta de francia 2022 finalizando en el segundo lugar y siendo eliminado de la Copa Sudamericana por Emelec. Para las liguillas se contrató a Juan Pablo Pino, Josué Estrada, Diego Rodríguez, John Galliquio y se repatrió a Alexi Gómez del fútbol chileno.
